1- 'YARGILAMAYI ETKİLEME'
Dönemin Savcısı Ferhat Sarıkaya, Şemdinli olayları sırasında Kara Kuvvetleri Komutanı olan Orgeneral Yaşar Büyükanıt ve bölgede görev yapan üst rütbeli askerler hakkında Genelkurmay Askeri Savcılığı'na, bazıları için de Şırnak Başsavcılığı'na suç duyurusunda bulundu. Sarıkaya'nın Şemdinli iddianamesinde dipnot olarak hatırlattığı bu suç duyurusunun belgesi dava dosyasında "2006/21" sayılı "Tefrik Kararı" olarak yer aldı. Bu belgeye göre, Savcı Sarıkaya, Büyükanıt hakkındaki suç duyurusunu iki nedene dayandırdı. İlk neden, Büyükanıt'ın Ali Kaya için, "Tanırım, iyi çocuktur" demesiydi. Sarıkaya bu durumu "Adil yargılamayı etkilemeye teşebbüs" suçu olarak tanımladı. Tefrik Kararı belgesinin devamında, Büyükanıt'ın bölgede Kolordu Komutanı olarak görev yaparken yine o dönemin İl Jandarma Komutanı Albay Eşref Hatipoğlu. Jandarma İstihbarat Yüzbaşı Ali Osman Celasun, Diyarbakır 7'nci Kolordu Komutanı Kurmay Başkanı Erhan Tavşancı, yine Kolordu Komutanlığı Kurmay Başkanı Reha Şatana, o dönemde binbaşı olan ve halen Diyarbakır'daki JİTEM davasında yargılanan Albay Cemal Temizöz ve dönemin MİT Bölge Başkanı Cemal Uzgören'in suç işlemek için örgüt kurdukları, görevlerini kötüye kullandıkları ve evrakta sahtecilik suçunu işledikleri belirtildi. Aynı belgede, Van Ağır Ceza Mahkemesi'nin önceki gün haklarında suç duyurusunda bulunma kararı aldığı dönemin; Hakkari Jandarma Alay Komutanı Erhan Kubat, Hakkari Dağ Komando Tugay Komutanı Erdal Öztürk ve Asayiş Kolordu Komutanı Selahattin Uğurlu'nun görevlerini kötüye kullandıkları iddiası yer aldı.
2- KUBAT'TAN GÖREV
Hakkâri Jandarma Alay Komutanı Albay Erhan Kubat, 8 Kasım 2005 tarihli (Şemdinli olayından bir gün önce), İSTH : 3590-2816 – 05/TER.OLY. (3365) sayılı faks mesajı yayınladı. Bu mesajda, Ali Kaya ve Özcan İldeniz'in, Şemdinli bölgesinde istihbari ve operasyonel faaliyetlerde bulunacakları yer alıyordu. Şemdinli olayları sırasında sürekli sorgulanan bu belgede ilgili devlet kurumlarından, "Görevli personele müracaatları halinde gereken yardım ve kolaylığın sağlanması" talebi de yer aldı. Dönemin savcısı Sarıkaya, bu belgede elde edilen bilgilerin adli makamlarla paylaşılması gibi bir emir bulunmayışını şöyle eleştirmişti: "Faks Mesaj Formu Görevlendirme yazısı ile görevlendirildikleri, -anlaşıldığı üzere- görevin içerisinde daha önceden Seferi Yılmaz hakkında elde edilmiş bilgi ve belgelerin adli makamlara iletilmesine ilişkin bir husus bulunmamaktadır."
3- DİLEKÇEYLE GELEN İHBAR
Ferhat Sarıkaya, Şemdinli soruşturmasını yürütürken savcılığa, İ.K. Ören isminde bir kişiden ihbar dilekçesi geldi. Bu dilekçede, Astsubay Ali Kaya için "İyi çocuktur" diyen Yaşar Büyükanıt ile Ali Kaya'nın, Büyükanıt'ın 7'nci Kolordu Komutanlığı sırasında beraber çalıştıklarını, Ali Kaya ve ekibinin JİTEM'in içinde yer aldıklarını, Musa Anter'in öldürülmesi olayına da karıştıkları ileri sürüldü.
4- UĞURLU VE ÖZTÜRK'E SUÇLAMA
Aynı ihbar yazısında, eski Van Kolordu Komutanı Selahattin Uğurlu ve Hakkari Dağ Komando Tugay Komutanı Erdal Öztürk için, "Bir yıl öncesine kadar Şemdinli'de Yüksekova'da bir şey olmamış. Ama ne zaman Hakkâri Alay Komutanı, İstihbarat Komutanı gelmiş, Bunların bağlı olduğu Van'daki Asayiş Komutanı Selahattin Uğurlu gelmiş. Ondan bu zamana kadar buralarda bir çok bomba patladı" ifadeleri yer aldı.