1. Ordu eski Komutanı emekli Orgeneral Çetin Doğan tarafından hazırlandığı ileri sürülen Balyoz Harekat Planı ile ilgili başlatılan soruşturmada ilginç bir noktaya gelindi. İddialarla ile ilgili soruşturma kapsamında askeri yargıda görüş ayrılığına neden olan kararlar alındığı anlaşıldı. Soruşturmayı yürütmekle görevli Askeri Savcı Albay Bülent Münger, 1. Ordu Komutanlığı "kozmik oda"sında araştırma yapmayı talep etti ve 1. Ordu Komutanlığı Askeri Mahkemesi bu talebi kabul etti. Ancak bir süre sonra 1. Ordu Komutanlığı karara itiraz etti. İtirazı değerlendiren bir üst mahkeme, Deniz Kuvvetleri Kuzey Deniz Saha Komutanlığı Askeri Mahkemesi itirazı kabul etti. Bu karar sonrasında Askeri Savcı Albay Münger, komutanlığın "kozmik oda"sında arama yapamayacak, sadece belgenin nasıl sızdığı ve Genelkurmay'ın plan semineri dediği programa katılan askeri personelin ifadelerine başvuracak. Askeri yargıda görüş ayrılığına neden olaylar zinciri şöyle gelişti:
GENELKURMAY İNCELEME YAPTI: Balyoz Harekât Planı'nın ortaya çıkmasından sonra Genelkurmay Başkanı Org. Başbuğ'un talimatı ile Genelkurmay Adli Müşaviri Tuğgeneral Hıfzı Çubuklu 1.Ordu Komutanlığı'nda olayla ilgili inceleme başlattı. İnceleme sonunda Çubuklu, Org. Başbuğ'a "soruşturma başlatılmalı" görüşünü sundu.
ASKERİ SAVCI GÖREVLENDİRİLDİ: Tuğgeneral Çubuklu'nun raporu üzerine olayın soruşturulması için 1. Ordu Komutanlığı Askeri Savcısı Albay Bülent Münger görevlendirildi. Belgenin nasıl sızdığı ve söz konusu plan seminerine katılanların ifadesine başvurmak için dosya hazırlayan Münger, söz konusu belgenin varlığının tespiti konusunda araştırma yapmak için 1. Ordu Komutanlığı kozmik odasında araştırma yapmak için 1. Ordu Komutanlığı Askeri Mahkemesi'ne başvurdu.
KOZMİK ODADA ARAMA KARARI ÇIKTI: 1. Ordu Komutanlığı Askeri Mahkemesi, Savcı Albay Bülent Münger'in talebi üzerine söz konusu belgenin doğruluğu ve varlığı iddialarıyla ilgili araştırma yapılabilmesi için 1. Ordu Komutanlığı kozmik odasının açılmasına karar verdi.
KOMUTANLIK İTİRAZ ETTİ: 1. Ordu Komutanlığı tarafından, Askeri Mahkeme'nin kozmik odada arama yapılması kararı üzerine 1. Ordu Komutanı Org. Hasan Iğsız'ın talimatıyla bir üst mahkemeye itirazda bulunuldu.
İTİRAZ KABUL EDİLDİ: 1.Ordu Komutanlığı'nın itiraz başvurusu bir üst mahkeme olan Deniz Kuvvetleri Kuzey Deniz Saha Komutanlığı Askeri Mahkemesi'nde görüşüldü. Mahkeme, 1. Ordu Komutanlığı'nın itirazını kabul etti ve kozmik odada arama yapılabileceğine ilişkin kararı bozdu. 1.Ordu Komutanlığı'nda kozmik odaya ilişkin benzer bir süreç sivil yargıda da yaşanmıştı. Seferberlik Ankara Bölge Başkanlığı'nda hâkim nezdinde yapılan aramalara bir süre sonra Milli Savunma Bakanlığı Adli Müşavirliği ile Genelkurmay Başkanlığı Adli Müşavirliği'nce itiraz edilmişti. Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi ise itirazları reddetmiş, karargahta 260 saat süren arama yapılmıştı.
