Başkent Üniversitesi Rektörü Mehmet Haberal'ın, Ergenekon örgütünde karar verici pozisyonunda üst düzey yönetici olduğu iddia edildi. Buna delil olarak da ordu komutanlığı yapmış Hurşit Tolon'un "Emredin gece 3'te kapınızdayım'' sözleri gösterildi. İddianamede, birçok siyasi lideri bir araya getirip, ordu göreve pankartlarının açıldığı cumhuriyete saygı mitinglerini organize edip yönlendirdiği öne sürülen Haberal'ın günlüklerine de yer verildi.
