Tutuksuz sanıklardan eski YÖK Başkanı Prof. Dr. Kemal Gürüz'le ilgili bölümünde de şok suçlamalara yer verildi. İddianamede, örgütün 'ara yöneticisi' denilen Prof. Dr. Kemal Gürüz'ün, YÖK başkanlığından emekli olduğu halde örgütün talimatı ile YÖK üyeliği ve üniversitelerdeki rektörlük seçimlerine müdahale ettiği savunuldu. Gürüz'ün, yapılan çalışmalarla ilgili örgüt yöneticisi Şener Eruygur'a düzenli bilgi verdiği ve ondan bazı şahıslara baskı uygulaması için taleplerde bulunduğu öne sürüldü.