Gülen hakkında birçok iddia ortaya atıldı. Bunlardan biri de Gülen cemaatinin Danıştay saldırısını Kemalettin Gülen üzerinden Alparslan Arslan'a yaptırdığı iddiasıydı. Ancak Gülen hakkında herhangi bir işlem yapılmadığı gibi tanıklığa bile zorla getirildi. Bazı Ergenekon sanıkları, Gülen-Arslan ilişkisi irdelenirse cemaatin Danıştay cinayetindeki rolünün çözüleceğini, ancak Kemalettin Gülen'in savcılar tarafından korunduğunu öne sürdü.
17 Mayıs 2006'da avukat Alparslan Arslan tarafından Danıştay 2. Dairesine gerçekleştirilen silahlı saldırıda Daire Üyesi Mustafa Yücel Özbilgin şehit olmuş, aralarında daire başkanı Mustafa Birden'in de yer aldığı 4 üye ise yaralanmıştı. Olaya ilişkin davaya bakan Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi, 13 Şubat 2008'de davayı karara bağladı. Yargıtay 9. Ceza Dairesi sanıkların Ergenekon sanıklarıyla irtibatının araştırılmadığı gerekçesiyle 17 Aralık 2008 tarihinde bu kararı bozdu.
Ergenekon'un terör örgütü olarak değerlendirilebilmesi için silahlı eyleminin olması gerekiyordu. Ergenekon savcısı Zekeriya Öz, 11,12,13 Şubat 2008 tarihlerinde savcı Mehmet Ali Pekgüzel ile birlikte Sincan Cezaevinde Danıştay cinayeti sanıklarının tanık olarak ifadesini aldı. Savcıların ayrıca Osman Yıldırım'ın gizli tanık olarak da ifadesini aldıkları ortaya çıktı. Yıldırım hem sanık hem tanık hem de gizli tanık olarak aynı davaya yer aldı. Yıldırım'ın ifadeleri üzerine Danıştay davası, 18 Mayıs 2009 tarihinde Ergenekon davası ile birleştirildi. Yıldırım, suikast emrini Veli Küçük'ten, bombaları da Muzaffer Tekin'den aldığını söyledi. Bu iddialarını ispatlayamadı. Bu ifadeler dikkate alınarak Arslan'la beraber, Küçük ve Tekin'e Danıştay olayının azmettiricisi oldukları gerekçesiyle 2'şer kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezaları verildi.
ESRARENGİZ GÜLEN
Danıştay dosyasında karanlık kalan noktalardan biri, tetikçi Alparslan Arslan'ın Fethullah Gülen cemaatiyle olan bağlantısıydı. Arslan, Fethullah Gülen'in yeğeni Kemalettin Gülen'in Marmara Üniversitesi Hukuk Fakültesi'nden arkadaşıydı. Dava Ankara'da görülürken, Arslan'ın Danıştay üyelerinin resimlerinin bulunduğu gazeteyi kendisine Gülen'in verdiğini söylemesi üzerine Gülen, Arslan'ın akli dengesinin yerinde olmadığı gerekçesiyle dilekçe verdi.
TELEFON TEHDİTLERİ
Gülen hakkındaki iddia bununla da sınırlı değildi. Gülen'in Danıştay 2.Dairesi'nin kamu kurumlarında başörtüsünü yasaklayan kararından sonra, bu kararı veren 2.Daire Başkanı Mustafa Birden'i evinden telefonla arayarak küfrettiği iddia edildi. Ayrıca Danıştay saldırısından bir hafta önce Arslan'ın Gülen'in bürosuna gittiği, burada Gülen'in Arslan'a, hakim Birden'in adresini ve telefon numarasını da verdiği ileri sürüldü.
Hürriyet Gazetesi yazarı Ahmet Hakan Coşkun da 6 Nisan 2008 tarihindeki yazısında Gülen'in kendisini telefonla tehdit ettiğini öne sürdü. Gülen'in Arslan ile ilişkisini irdeleyen Coşkun, bizzat Arslan tarafından suçlanmasına karşın Gülen'in herhangi bir adli takibe alınmadığını vurguladı. Gülen'in hakim Birden'i de telefonla tehdit ettiği iddiasına değinen Coşkun, "Anlaşılan arkadaşın telefonla arayarak had bildirme gibi bir alışkanlığı mevcut" ifadesini kullandı.
BU İLİŞKİYİ İRDELEYİN
Ergenekon davasında ise bazı sanıklar ve avukatlar, Gülen ile Arslan arasındaki ilişkinin iyi irdelenmesi gerektiğini söyleyip, duruşmada tanık olarak dinlenmesini talep etti. Sanıklardan avukat Kemal Kerinçsiz, "Alparslan Arslan'ın Glock marka silahların bedellerini nasıl temin ettiği konusunu çözümlemek için mutlaka Arslan ile Gülen arasındaki ilişkinin hangi boyutlara vardığını tespit etmek gerekir. Nitekim bu ilişkiler ağını anlatan Ahmet Hakan bu kişi tarafından tehdit edilmiştir" dedi.
Gülen'in Danıştay cinayeti ile irtibatlandırılmaktan özellikle kaçınıldığını ifade eden Kerinçsiz, Arslan ile Gülen arasındaki telefon irtibatları, iş ilişkileri, tarikat bağlantıları, bankalardaki hesap hareketlerinin mutlaka incelenmesi gerektiğini kaydetti. Kerinçsiz, şu ifadeleri kullandı: "Savcılar nedense bu bölümleri iddianamelerinde es geçiyorlar. Gülen soyismine iddianamelerinde yer vermek istemiyorlar" diye tepki gösterdi.
TANIKLIĞA BİLE ZORLA GETİRİLDİ
Kemalettin Gülen ise hakkındaki iddialar nedeniyle mağdur olduğunu öne sürerek Ergenekon davasına müdahil olmak için başvurdu. Talebi reddeden mahkeme, Gülen'i 26 ve 28 Temmuz 2011 tarihlerinde Silivri'deki mahkemede iki gün boyunca tanık olarak dinledi. Gülen, Alparslan Arslan ile üniversite döneminde tanıştıklarını belirterek, Arslan'ın kendisinden 3 yıl önde olduğu için fazla muhabbetleri olmadığını ancak zaman zaman aynı ortamlarda bulunduklarını söyledi.
TETİKÇİ IŞIK EVLERİ'NE GİDİP GELİYOR
Kemalettin Gülen, Alparslan Arslan ile ilişkilerinin sorulması üzerine, Danıştay olayını Gülen cemaatinin üzerine yıkmak için kara propaganda yapıldığını savundu. Ancak Alparslan Arslan 19, 20, 22 Ekim 2009 tarihlerinde Silivri'de 3 gün boyunca yapılan çapraz sorgusunda Gülen'i yalanlıyordu. Arslan, Işık Evleri'nin sorulması üzerine "Cemaatin evlerinde benim kalmışlığım da var. Gidip gelmişliğim de..." diyordu. Kemalettin Gülen, kendisine telefonla ulaşan SABAH muhabirine herhangi bir açıklama yapmayacağını söyledi.
