Ziraat Türkiye Kupası'nda gruplar belli oldu. Grup kuraları Türkiye Futbol Federasyonu'nun Riva'daki merkezinde çekildi. Ziraat Türkiye Kupası grup aşamasındaki 32 takım, dörderli 8 grupta çift devreli lig usulüne göre mücadele edecek. Müsabakalar sonucunda gruplarında ilk 2 sırayı alan takımlar, Son 16 Turu'na yükselecek.
Gruplarda ilk maçlar 29, 30 Kasım ve 1 Aralık'ta oynanacak. Kupada grup aşaması 19 Ocak 2017 tarihinde oynanacak maçlarla tamamlanacak.
Kura çekiminin ardından oluşan grup eşleşmeleri şöyle:
A GRUBU: Kırklarelispor, Şanlıurfaspor, Gaziantepspor, Osmanlıspor
B GRUBU: Sancaktepe Belediyespor, İnegölspor, Çaykur Rizespor, Kasımpaşa
C GRUBU: Amed Sportif Faaliyetler, Menemen Belediyespor, Gençlerbirliği, Fenerbahçe
D GRUBU: Darıca Gençlerbirliği, Boluspor, Kayserispor, Beşiktaş
E GRUBU: 24 Erzincanspor, Tuzlaspor, Elazığspor, Galatasaray
F GRUBU: Yeni Amasyaspor, Göztepe, Sivasspor, Medipol Başakşehir
G GRUBU: Aydınspor 1923, Ümraniyespor, Bursaspor, Akhisar Belediyespor
H GRUBU: Kızılcabölükspor, Gümüşhanespor, Trabzonspor, Atiker Konyaspor