Balyoz davasından yargılanan Org. Ergin Saygun, 5-7 Mart 2003 tarihli Plan Semineri notlarını, Tayyip Erdoğan'ın, toplantıdan kısa bir süre sonra Aytaç Yalman'a verdiğini ileri sürdü. (Bana göre, Yalman, belgeleri Genelkurmay Başkanı Özkök'e, Özkök, Erdoğan'a, Erdoğan da Yalman'a iletmiştir. Çünkü dönemin Kara Kuvvetleri Komutanı olan Yalman, o tarihte kilit bir rol oynuyordu.)
Jandarma İstihbarat Daire Başkanı Levent Ersöz'e ait olduğu belirtilen bir konuşma, 4 Mart 2010'da internete düştü. Bu konuşmada Ersöz, "Orgeneral Yalman, 2003-2004 yılında komutanların hepsini vaktiyle satan adamdır. 19 Mart 2003'te, Hilmi Özkök'e komutanların hepsini gammazladı" diyordu.
Eski Deniz Kuvvetleri Komutanı Özden Örnek'in günlüklerinde, Aytaç Yalman'ın, Hilmi Özkök'le aralarında cereyan eden bir konuşma yer alıyor: Genelkurmay Başkanı Özkök, Yalman'a "Cuma akşamı sizleri aradığımda (bütün kuvvet komutanlarını kastediyor) benden habersiz olarak toplanmış durumda buldum. Üzüldüm" diye sitem edince, Yalman, Özkök'e soruyor: "Geçen yıl size en fazla desteği kim verdi?" Özkök, "Tabii ki sen verdin ve sana çok müteşekkirim" diyor. Yalman, "O halde nasıl olur da bizim hakkımızda böyle düşünebilirsiniz?" cümlesiyle tartışmayı sonlandırıyor.
Daha sonra Aytaç Yalman, Hilmi Özkök'le aralarında geçen konuşmaya bir açıklık getiriyor ve Özden Örnek'e diyor ki: "Geçen yıl eğer ben ona karşı Çetin Doğan'la birlikte olsaydım, onu paramparça edeceklerdi."
15 Kasım 2003'te, iki Musevi sinagoguna karşı bombalı saldırı gerçekleşti. Bombaların İkitelli'deki Gökkuşağı deterjan fabrikasında imal edildiği ortaya çıktı. İşin tuhafı, 5-7 Mart 2003'teki Plan Semineri sırasında Tuğgeneral Süha Tanyeri'nin tuttuğu ileri sürülen el yazısı notlarda, "Gökkuşağı-deterjan" ibaresi geçiyordu. Tanyeri, nasıl oluyor da, bu bombaların Gökkuşağı deterjan fabrikasında imal edileceğini 8 ay önceden biliyordu?
Ergenekon savcısı Zekeriya Öz, bu örgüt konusunda bilgisi olup olmadığını MİT'e sormuştu. MİT "Bilgimiz var. Bu bilgiyi 19 Kasım 2003'te Başbakan'a da sunduk" cevabını vermişti. 15 Kasım 2003'te 2 sinagog bombalanıyor, 19 Kasım 2003'te MİT, Başbakan'a bir değerlendirme notu veriyor. Başbakan'ın, 2 Aralık 2003'te yaptığı grup konuşmasında, vakti saati geldiğinde demokrasi çerçevesinde birileriyle hesaplaşacağını söylemesi, "Bunun belgesi, bilgisi, delileri, her şeyi elimizdedir" demesi de, MİT'in aktardığı malumat çerçevesinde yorumlanabilir.
3 Aralık 2003'te, Yüksek Askeri Şûra öncesi, Genelkurmay Başkanlığı'nda komutanlar toplanıyor. Hemen icraata geçilmesini ve Özkök'ün hükümete muhtıra vermesini istiyorlar. Özkök, onları yatıştırıyor. "Bu hükümet gitmelidir ama demokratik yollardan bu işi halletmeliyiz" diyor. Özden Örnek, bilgisayarına not düşüyor: "Tarihi bir toplantıydı. Genelkurmay Başkanı'na onunla aynı fikirde olmadığımız mesajı verildi. Yalnız kaldığını anladı. Eylem planına ad koyduk: Sarıkız."