Cihaner, görevi ihmal ve suiistimalden Yargıtay 11. Ceza Dairesi'nde yargılanıyor. Terör örgütüne üye olmak iddiasıyla önce Erzurum 2. Ağır Ceza Mahkemesi'nde yargılanırken, bu mahkeme dosyanın, İstanbul'daki 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderilmesini ve İrtica ile Mücadele Eylem Planı davasıyla birleştirilmesini kabul etti. Hukukçulara göre, Yargıtay yerel mahkemenin ağır cezalık dosyasını elinden alamaz. Sadece Erzurum Ağır Ceza Mahkemesi'nin birleştirme kararı, İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilmez ve bir uyuşmazlık doğarsa, o takdirde Yargıtay Ceza Genel Kurulu, birleştirmeye gerek olup olmadığına ve gerek varsa hangi mahkemede birleştirileceğine karar verir.
Yargıtay 11. Ceza Dairesi böyle yapmadı. İstanbul ve Erzurum mahkemeleri arasında bir uyuşmazlık ortaya çıkmadan -büyük ihtimalle uyuşacaklardı- dosyaları aldı ve Erzurum sanıklarının tümünü tahliye etti.