Naci Ağbal, 1968 yılında Bayburt'ta doğdu. 1989 yılında İstanbul Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nden mezun olan Ağbal, Maliye Bakanlığı Teftiş Kurulu Başkanlığı'nda Maliye Müfettiş Yardımcısı olarak meslek yaşamına başladı. 1993 yılında Maliye Müfettişi olarak atandı. 1996 -1998 yılları arasında İngiltere'de Exeter Üniversitesi'nde İşletme (MBA) dalında yüksek lisans eğitimini tamamladı. 1999 yılında Maliye Başmüfettişliği'ne atandı. 2002 yılında Maliye Bakanlığı Teftiş Kurulu Başkan Yardımcısı olarak görevlendirildi. 2003 yılında Gelirler Genel Müdürlüğünde Daire Başkanlığına atandı. 2004 - 2006 yılları arasında Bakan Danışmanlığı görevinde bulundu. 2006 yılında Bütçe ve Mali Kontrol Genel Müdürlüğü'ne başladı. 2009 yılında ise Maliye Bakanlığı Müsteşarlığı'na atandı. Ağbal, evli ve iki çocuk babasıdır.