Balyoz Güvenlik Harekâtı Planı'nın altında imzası bulunduğu belirtilen dönemin 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Çetin Doğan'ın, dönemin Kara Kuvvetleri Komutanı emekli Orgeneral Aytaç Yalman'ın karşı çıkmasına rağmen "Balyoz Eylem Planı" nı hazırlattığı öne sürüldü. Gözaltına alınan şüphelilerin ifadelerinde, Orgeneral Çetin Doğan'ın, dış tehdit değerlendirmesiyle birlikte iç tehdit değerlendirmesi yapılması talimatını verdiği ve en önemli iç tehdit olarak irticanın belirlendiği belirtildi. Ancak, en önemli iç tehdit olarak değerlendirilen irtica konusunda harp oyunu oynanmasını Orgeneral Aytaç Yalman'ın istemediği, yalnızca dış tehdit değerlendirmesi istediği kaydedildi. Ancak Çetin Doğan'ın, buna rağmen planı hazırlattığı belirtildi. Askeri Savcılığı'nca oluşturulan bilirkişi heyetince hazırlanarak Cumhuriyet Savcılığı'na da gönderilen bilirkişi raporunda seminer amaçlarının dışına çıkıldığı, bu faaliyetlerin Kara Kuvvetleri Komutanlığı'ndan gizlendiği öğrenildi.
